商标注册申请过程中还会出现以下特殊程序：

一、异议程序

（一）什么是商标异议？
商标异议是《商标法》及其实施条例中明确规定的，对初步审定的商标公开征求公众意见的法律程序，其目的在于公正、公平、公开的进行商标确权工作，提高商标注册审查质量。
　 商标异议的内容范围很广，既包括初步审定的商标与申请在先的商标相同或近似，也包括初步审定的商标违反了《商标法》的禁用条款或商标不具显著性，还包括申请人不具备申请资格等。
提出商标异议的可以是任何人，即：既可以是商标注册人，也可以是非商标注册人，既可以是企业、事业单位，也可以是个人，既可以是法人，也可以是非法人。

（二）、异议的手续：
填写《商标异议书》，填好被异议商标的名称、商品类别、初步审定号、初步审定公告期号、提出异议的理由。如认为被异议的商标与本异议人已注册的使用在相同或类似商品的商标相同或近似的，还应填写异议人注册商标的商品类别、商标名称、注册号等。
（三）、异议处理程序：
1、 商标局收到异议书及有关证据后，将异议书副本寄达被异议人商标注册申请人，被异议人应在收到异议书之日起十五天内作出书面答辩。被异议人在限期内未作出答辩的视为弃权，不影响异议程序进行。
2、商标局对异议人和被异议人所提出的事实与理由，经过调查核实研究后，作出异议裁定。

（四）、异议裁定结果：
商标局在作出异议裁定后要将异议裁定书寄给异议人与被异议人。异议裁定有两种结果。
1、异议理由不能成立，后经初步审定的商标予以注册；
2、异议理由充分，异议成立，原初步审定的商标不予注册。
但是如果异议当事人中任何一方是议裁定不服， 可在收到异议裁通知书日起十五天内，向商标评审委员会申请商标异复审，商标申请注册转入申请商标异议定审阶段。

二、商标争议程序 
（一）、 什么是商标争议
商标争议是指对已经注册的商标争议，即两个注册商标所有人之间因两商标相同或近似所产生的商标权利的争端。
商标争议的实质是争议人认为在后注册的商标，与其在先注册的商标权益发生冲突，即与其在同种商品或者类似商品上注册在先的商标相同或近似，或者已经在市场上引起消费者的误认，因而提出限制该商标使用商品范围或者撤销商标注册。
申请商标争议必须具有以下三个条件：申请争议的人必须是商标注册人，而且商标标准注册的日期先于被争议人商标标准注册的日期；争议的两个注册商标核定的商品必须是同种商品或类似商品；争议的两个注册商标核准的图形、文字或其组合必须是相同或者是近似的。 

（二）、评审程序
符合《商标法》第四十一条规定的，可以提出注册商标争议申请。但是，对于核准注册前已经提出异议并经过裁定的商标，不得再以相同的事实和理由申请争议裁定。如果有新的事实和理由，还可以申请争议裁定。商标争议评审程序如下： 
首先，申请人须依商标法及其实施条例之规定，向商标评审委员会提出《注册商标争议裁定申请书》一式两份，提出争议理由。 
商标评审委员会将《注册商标争议裁定申请书》副本交被争议人，并限期答辩。答辩以书面形式进行。必要时，可以要求争议当事人双方公开答辩。

（三）、争议裁定 
商标评审委员会充分听取当事人双方的理由和事实，依据事实和法律规定作出裁定。争议理由成立，撤销被争议的商标；争议理由不能成立，维持被争议的商标。 
商标评审委员会做出维持或撤消注册商标的裁定后，应当书面通知有关当事人。当事人对商标评审委员会的裁定不服的，可以自收到通知之日起三十日内向人民法院起诉。


、商标诉讼 
一、商标诉讼的提起人
是指有权向人民法院提起请求保护商标权利的权利人。 
依据《中华人民共和国商标法》规定，有权向人民法院提起商标诉讼的是指商标注册人或者利害关系人。 
商标注册人，是指经申请，被中华人民共和国商标局核准的商标权所有人。 
与商标权有关的利害关系人，是指经与注册商标所有人签订注册商标使用合同的注册商标使用人、注册商标财产的合法继承人。

二、商标注册人或者利害关系人在下列被侵权的情况下可以向人民法院提起诉讼： 
1、 未经权利人许可，在同一种商品或者类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标；
2、 销售侵犯权利人注册商标专用权的商品； 
3、 伪造、擅自制造权利人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造权利人的注册商标标识； 
4、 未经权利人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品投入市场； 
5、 给权利人注册商标专用权造成其他损失。 

三、起诉方式
商标注册人或者利害关系人向人民法院起诉，可以单独起诉，也可以共同起诉。 
《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》指出：“在发生注册商标专用权被侵犯时，独占使用许可合同的被许可人可以向人民法院提起诉讼，排他使用许可合同的被许可人可以和商标注册人共同起诉，也可以在商标注册人不起诉的情况下，自行提起诉讼；普通使用许可合同的被许可人可经商标注册人授权，可以提起诉讼。